Ponad sto lat historii Jagiellonii to w większości historia klubu, który niczego nie dostał za darmo. Klub zakładali żołnierze. Jagiellonia kilka razy znikała i wracała, spadała do III ligi i grała pod nazwą sponsora. Na pierwsze trofeum czekała 90 lat, a na mistrzostwo Polski 104. Dzisiaj gra wiosną w europejskich pucharach, a Białystok jest w polskiej piłce miastem, które się liczy.
Zaczęło się w koszarach. Wiosną 1920 roku w Białymstoku stacjonował Batalion Zapasowy 42 Pułku Piechoty i żołnierze założyli w nim sekcję piłkarską. Pierwszy mecz rozegrali 30 maja i wygrali z Kresowcami 5:1. Za datę założenia klubu przyjmuje się właśnie maj 1920.
Na grę nie było jednak czasu. Latem wojna polsko-bolszewicka doszła pod Białystok i część piłkarzy poszła na front. Drużyna wróciła do treningów w listopadzie, kiedy sytuacja się uspokoiła.
W latach 20. klub kilka razy zmieniał nazwę: KSBZ 42 pp, potem KS 42 pp i WKS 42 pp. Wszystkie nazwy wskazywały na pułk i trudno się dziwić. W międzywojennym Białymstoku wojsko miało boiska, sprzęt i ludzi, więc sport w mieście w dużej mierze się na nim opierał.
Przełom przyszedł 27 stycznia 1932 roku. Wojskowy klub 42 pp, z sekcjami piłkarską i lekkoatletyczną, połączył się z klubem założonym w 1927 roku przez Związek Młodzieży Wiejskiej. Nowy klub przyjął nazwę BKS Jagiellonia Białystok. W 1935 roku znów stał się klubem wojskowym, jako WKS Jagiellonia, i pod tą nazwą grał do wybuchu wojny.
Białystok o pułku nie zapomniał. W 2019 roku kibice wybrali 42 Pułk Piechoty na patrona stadionu, na którym gra Jagiellonia.
W 1945 roku Jagiellonia wróciła jako Białostocki Klub Sportowy, ale tylko na chwilę. Nowa władza nie chciała przedwojennych nazw z historycznym podtekstem. Przez następne lata Białystok miał drużyny, a nie miał Jagiellonii.
Nazwy zmieniały się co dwa, trzy lata, zależnie od tego, który zakład albo zrzeszenie utrzymywało drużynę. W 1946 roku był to PKS Motor, w 1948 roku Klub Sportowy Wici, w 1949 roku KS Związkowiec. Równolegle działali Budowlani Białystok i w 1951 roku Motor się z nimi połączył. Zrzeszenie Sportowe Budowlani dało klubowi stabilność. Na jego bazie klub odbudowywał się przez kolejne lata.
Nazwa Jagiellonia wróciła w 1955 roku, na razie nieoficjalnie: Jagiellonia Białystok Budowlani. Oficjalnie wróciła w styczniu 1957 roku, po fuzji ze Spartą. Klub odzyskał też żółto-czerwono-czarny herb. Dla kibiców to była ważna sprawa, bo po kilkunastu latach mieli znowu swoją Jagę.
Nazwa była, ale wyników brakowało. Przez prawie dwadzieścia lat Jagiellonia grała w rozgrywkach regionalnych i III lidze. Białystok był wtedy daleko od centrów polskiej piłki, a w mieście brakowało pieniędzy i zakładów pracy, które mogły klub utrzymywać.
W 1972 roku przy ulicy Słonecznej oddano do użytku Stadion Miejski. Ten sam adres ma dzisiejszy stadion. W 1973 roku klub przyjął nazwę Jagiellonia Białystok MKSB, czyli Międzyzakładowy Klub Sportowy Budowlanych. W 1975 roku Jaga awansowała do II ligi i pierwszy raz zagrała na szczeblu centralnym.
Pierwsze podejście trwało trzy sezony, do spadku w 1978 roku. Druga próba była jeszcze krótsza: jeden sezon, 1980/81, i znów spadek. Przez te lata Jaga była typową drużyną windą, za mocną na III ligę i za słabą na II.
Za trzecim razem się udało. W 1983 roku Jaga wygrała swoją grupę III ligi i wróciła do II ligi, tym razem na dłużej. W połowie lat 80. trener mógł już liczyć na zawodników, którzy później przeszli do historii klubu: Jacka Bayera, który w 1987 roku dostał powołanie do reprezentacji jeszcze jako zawodnik drugoligowca, jego brata Dariusza i pomocnika Dariusza Czykiera, który w latach 1982–1989 rozegrał w klubie 126 meczów.
Sezon 1986/87 był najlepszy w dotychczasowej historii Jagi. Wygrała wschodnią grupę II ligi z 15 punktami przewagi nad Stalą Stalowa Wola i awansowała dwie kolejki przed końcem rozgrywek. W 67. roku istnienia klub pierwszy raz awansował do ekstraklasy.
Białystok tęsknił za wielką piłką i było to widać na trybunach. W sezonie 1987/88 Jagiellonia miała najwyższą średnią frekwencję w lidze: ponad 26 tysięcy widzów na mecz. Górnik Zabrze, mistrz Polski i drugi w tym zestawieniu, miał średnio około 15 tysięcy.
Beniaminek dobrze sobie radził na boisku. W pierwszym sezonie zajął ósme miejsce, a najwięcej bramek strzelił dla Jagi Jacek Bayer. Rok później drużyna była dziewiąta, a w 1989 roku doszła do finału Pucharu Polski. W finale przegrała z Legią 2:5, ale sam awans do niego był największym sukcesem w historii klubu.
Potem przyszło to, co przeżyło wiele mniejszych klubów w Polsce. Najlepszych zawodników kupiły bogatsze kluby i z Białegostoku odeszła mniej więcej połowa składu. W sezonie 1989/90 Jaga zdobyła 13 punktów w 30 meczach, zajęła ostatnie miejsce i spadła.
Lata 90. to najtrudniejszy okres w powojennej historii Jagiellonii. Na początku dekady klub jeszcze trzymał poziom. Po dwóch sezonach w II lidze wrócił do ekstraklasy, ale sezon 1992/93 znów skończył się spadkiem. Na zapleczu ekstraklasy grali wtedy młodzi zawodnicy z Podlasia. Najbardziej znani z nich zrobili kariery gdzie indziej, a nazwiska takie jak Tomasz Frankowski i Marek Citko kibice z Białegostoku znają do dziś.
Z pieniędzmi było coraz gorzej. Po sezonie 1995/96 Jaga spadła do III ligi i grała w niej pięć sezonów. Stadion przy Słonecznej się starzał, a klub ledwo wiązał koniec z końcem. W 1999 roku do nazwy dopisano sponsora i klub nazywał się Jagiellonia Białystok-Wersal Podlaski. Na mecze III ligi przychodzili najwierniejsi kibice. W tamtych latach mówiło się w Białymstoku nie o awansie, tylko o tym, czy klub w ogóle przetrwa.
W 2001 roku Jaga wróciła do II ligi. Na krótko, bo po jednym sezonie znów spadła do III ligi. To był ostatni taki spadek w historii klubu.
W 2003 roku klub przekształcono w Sportową Spółkę Akcyjną i od tego czasu nazywa się Jagiellonia Białystok SSA. Kibice dalej mówią o niej BKS, od przedwojennego Białostockiego Klubu Sportowego. Spółka uporządkowała finanse, a drużyna w tym samym roku wróciła do II ligi. Tym razem została w niej na stałe.
Na awans trzeba było jeszcze poczekać cztery sezony. Udało się w 2007 roku, równo dwadzieścia lat po pierwszym. Od tamtej pory Jagiellonia nie spadła z ekstraklasy.
Pierwsze sezony po awansie Jaga walczyła głównie o utrzymanie. W 2009 roku do domu wrócił Tomasz Frankowski, jeden z najlepszych polskich napastników swojego pokolenia, a ławkę trenerską objął Michał Probierz.
22 maja 2010 roku w Bydgoszczy Jagiellonia zagrała w finale Pucharu Polski z Pogonią Szczecin. Mecz rozstrzygnął jeden gol, którego strzelił litewski obrońca Andrius Skerla. Jaga wygrała 1:0 i 90 lat po założeniu zdobyła pierwsze trofeum w historii. Latem w Płocku pokonała Lecha Poznań w meczu o Superpuchar i dołożyła drugie. Puchar Polski dał jej też pierwszy w historii start w europejskich pucharach.
W tym samym roku przy Słonecznej zaczęła się budowa nowego stadionu. Trwała długo, bo w trakcie budowy zmienił się wykonawca, a koszty rosły. Stadion na ponad 22 tysiące miejsc otwarto w październiku 2014 roku. Jaga zagrała na nim pierwszy mecz dziewięć dni później i wygrała z Pogonią 5:0.
Nowy stadion zbiegł się z najlepszymi dotąd sezonami Jagiellonii w ekstraklasie. W sezonie 2014/15 Jaga zajęła trzecie miejsce i zdobyła pierwszy medal mistrzostw Polski w historii klubu. Dwa lata później była już druga, a w sezonie 2017/18 znowu skończyła ligę na drugim miejscu.
Dwa wicemistrzostwa z rzędu bolały, bo tytuł był blisko. Jaga zdobyła wtedy wszystkie medale poza złotym. Białystok przestał jednak uchodzić za prowincję polskiej piłki, a Jagiellonia była regularnie w czołówce.
Po medalach przyszło kilka przeciętnych sezonów. Trenerzy się zmieniali, kadra też, a Jaga kończyła sezony w środku tabeli. Najgorzej było w sezonie 2022/23: wiosną drużyna była blisko strefy spadkowej. W kwietniu 2023 roku klub zwolnił trenera Macieja Stolarczyka i postawił na Adriana Siemieńca, młodego trenera, który wcześniej pracował w klubie z rezerwami i juniorami. Siemieniec utrzymał drużynę w lidze, a niewielu spodziewało się po nim czegoś więcej.
Latem 2023 roku Jagiellonia nie miała pieniędzy na drogie transfery, więc szukała zawodników bez kontraktu i takich, których mogła wypożyczyć. Z Angoli przyszedł Afimico Pululu, wolny zawodnik, który z czasem stał się jednym z najlepszych napastników ligi. Do kadry dołączyli też wypożyczeni Darko Churlinov z Burnley i Peter Kovacik z Como. Liderem drużyny był Jesús Imaz. Hiszpan grał w Białymstoku od kilku lat i strzelił dla klubu ponad 90 goli. Środek pola trzymał kapitan Taras Romanczuk.
Jaga grała odważnie, ofensywnie i dobrze się ją oglądało. Dużo strzelała i długo prowadziła w tabeli. Przegrywała jednak dość meczów, żeby o tytule zdecydowała ostatnia kolejka. 25 maja 2024 roku Jagiellonia wygrała z Wartą Poznań 3:0 i skończyła sezon z 63 punktami. Gola strzelił w tym meczu między innymi Portugalczyk Nené. Po 104 latach istnienia Jagiellonia pierwszy raz została mistrzem Polski. Białystok świętował do rana.
Mistrzostwo dało Jadze grę w eliminacjach Ligi Mistrzów. W drugiej rundzie przeszła litewski Panevėžys, a w trzeciej trafiła na Bodø/Glimt i odpadła. W eliminacjach Ligi Europy przegrała z Ajaksem Amsterdam i trafiła do fazy ligowej Ligi Konferencji. Tam pokazała, co potrafi.
Na start wygrała 2:1 w Kopenhadze, co niewiele polskich klubów potrafiło. Potem pokonała u siebie mołdawski Petrocub 2:0 i norweskie Molde 3:0. W Celje padł remis 3:3. Wygrała jeszcze 1:0 w Mladá Boleslav i zremisowała bezbramkowo z Olimpiją Lublana. W fazie ligowej Jaga nie przegrała ani razu.
W pierwszej rundzie fazy pucharowej Jaga wygrała 3:1 na wyjeździe z serbską Bačką Topolą i awansowała do 1/8 finału. Tam trafiła na Cercle Brugge. W pierwszym meczu w Białymstoku wygrała 3:0, a w Belgii przegrała 0:2, ale to wystarczyło do awansu. Polski klub pierwszy raz od lat zagrał wiosną w ćwierćfinale europejskiego pucharu.
W ćwierćfinale rywalem był Real Betis. Hiszpanie wygrali w Sewilli 2:0, a w rewanżu padł remis 1:1, więc Jaga odpadła po wyniku 1:3 w dwumeczu. Betis doszedł potem do finału, w którym przegrał z Chelsea. Odpaść z takim rywalem to nie wstyd. W lidze Jaga zdobyła brąz, trzeci w historii klubu.
W sezonie 2025/26 Jaga znów zagrała w fazie ligowej Ligi Konferencji. Rywalizowała tam między innymi ze Strasbourgiem i AZ Alkmaar, i drugi rok z rzędu awansowała do fazy pucharowej. W lutym w pierwszej rundzie fazy pucharowej długo trzymała w niepewności włoskiego faworyta i odpadła dopiero po dogrywce. W lidze znów zdobyła brąz. Od dwóch lat Jaga regularnie gra jesienią w Europie i jednocześnie zdobywa medale w lidze, co w polskiej piłce udaje się niewielu klubom.
Sezon 2026/27 to 24. sezon Jagiellonii w ekstraklasie. Na jej zapleczu, dawnej II lidze, a dziś I lidze, klub grał 18 sezonów. Kilkadziesiąt kolejnych spędził w III lidze i rozgrywkach regionalnych.
Na koncie ma mistrzostwo Polski (2023/24), dwa wicemistrzostwa (2016/17 i 2017/18), trzy brązowe medale (2014/15, 2024/25 i 2025/26), Puchar Polski z 2010 roku, Superpuchar i ćwierćfinał Ligi Konferencji. Pod różnymi nazwami Jagiellonia grała w lidze ponad sto lat. W tym czasie kilka razy prawie przestała istnieć i za każdym razem wróciła.
Klub zaczynał na boisku w białostockich koszarach, w drugim miesiącu wojny. Dzisiaj gra na stadionie, który ma za patrona tamten pułk, i jeździ na mecze europejskich pucharów do Kopenhagi, Brugii i Sewilli.
1:0
-:-