Sezon 2020/21 był bardzo trudny i długi. Z uwagi na mecze odwołowywane z uwagi na pandemię koronawirusa nierzadko trzeba było grać mecze co 3 dni, gdzie na tym poziomie rozgrywkowym są to naprawdę duże obciążenia. Przepisy związane z przechodzeniem zawodników z pierwszej drużyny do rezerw też nie pomagały. Duża skala kontuzji w pierwszym zespole powodowała to, że podopieczni trenera Wojciecha Kobeszki musieli często zasiadać na ławce rezerwowych podczas meczów PKO BP Ekstraklasy, a tym samym sztab szkoleniowy rezerw musiał sięgać głębiej po juniorów. Przez te i inne przyczyny w Jagiellonii II zagrało łącznie 57 zawodników w 35 meczach.
Rezerwy Dumy Podlasia dość szybko złapały wiatr w żagle i całkiem spokojnie zagwarantowały sobie utrzymanie poprzez zakwalifikowanie się do grupy miestrzowskiej. Sezon 2020/21 zakończył się 8 miejscem w tabeli ze zdobytymi 44 punktami. Daje to średnio 1,26 punktu na mecz. Na dorobek punktowy podopiecznych trenera Kobeszki złożyło się 13 zwycięstw, 5 remisów i 17 porażek. Jagiellonia II zdobyła 57 bramek, co daje średnią 1,63 gola na mecz. Białostoczanie byli karceni przez przeciwnika golem 69 razy, co daje średnią 1,97 gola na mecz. Najwyższe zwycięstwo Jagiellończycy odnieśli w meczu z Lechią Tomaszów Mazowiecki 6:0. Co ciekawe, najwyższa porażka to również 0:6 i mecz z Pogonią Grodzisk Mazowiecki.
Wspomniana wyżej drużyna z Grodziska Mazowieckiego wygrała rozgrywki III Ligi gr. 1 z dorobkiem 77 punktów i awansowała do eWinner II Ligi. Drugie miejsce w tabeli zajął Świt Nowy Dwór Mazowiecki ze stratą 3 punktów do lidera, a podium uzupełniła Legionovia Legionowo z 64 punktami w dorobku.
Z ligi spadły zespoły z miejsc 16-22, to jest kolejno: GKS Wikielec (46 punktów), Concordia Elbląg (45), RKS Radomsko (42), Olimpia Zambrów (40), Ruch Wysokie Mazowieckie (23), Huragan Morąg (22) oraz KS Wasilków (15).

Najwięcej goli dla Jagiellonii II zdobył Maciej Twarowski, który 7 razy pokonywał bramkarzy w sezonie 2020/21. Ponadto do bramki rywali trafiali: Eryk Matus i Szymon Sobczak - po 6 goli, Maciej Bortniczuk, Jakub Jarmołowicz i Michał Kosikowski - po 4 bramki, a także: Mas, Mazur, Pankiewicz, Toporkiewicz - po 2 trafienia oraz Czerech, Huczko, Karpiński, Lopez, *Matysik, Matras, Nawrocki, Pawłowski, Wyjadłowski, Zyśk.

* - Matysik zdobył bramkę w meczu z Ruchem Wysokie Mazowieckie, który został zweryfikowany jako walkower dla Jagiellonii II
Dodatkowo padł jeszcze jeden gol samobójczy, który dopełnia liczbę 57 goli w sezonie.

Gdyby wybrać jedenastkę sezonu bazując na zawodnikach, którzy rozegrali najwięcej minut w kadrze prowadzonej przez trenera Wojciecha Kobedzkę, to wyglądałaby ona następująco:

Gostomski - Majsterek, Płoszkiewicz, Huczko, Czerech - Bayer, Matus, Wasilewski, Nawrocki - Jarmołowicz, Twarowski.

Poniżej lista 57 zawodników, którzy zagrali w rezerwach wraz z ilością minut spędzonych na boisku: