W swoim pierwszym meczu, w ramach Pucharu Tysiąca Drużyn, Jagielloni zmierzy się z Pogonią Szczecin. Mecz zostanie rozgrany we środę 12 sierpnia w Białymstoku. Zwycięzca tego pojedynku zmierzy się z kimś z czwórki: Nadwiślan Góra / Zagłębie Lubin - Błękitni Stargard Szczeciński / Termalica Bruk-Bet Nieciecza.
W tym roku drabinka obejmuje fazy rozgrywkowe do ćwierćfinału włącznie. Pary półfinalistów zostaną wyłonione w odrębnym losowaniu.

Drabinka i układ gier:
1/16 finału - 12 sierpnia

1. Jagiellonia Białystok - Pogoń Szczecin
2. Nadwiślan Góra / Zagłębie Lubin - Błękitni Stargard Szczeciński / Termalica Bruk-Bet Nieciecza
3. Rodło Kwidzyn / Olimpia Grudziądz - Lech Poznań
4. Ruch Chorzów - Wisła Kraków
5. Zawisza Bydgoszcz - ŁKS 1926 Łomża / Chrobry Głogów
6. KS Stilon Gorzów Wielkopolski / Stal Stalowa Wola - Piast Gliwice
7. Garbarnia Kraków / Miedź Legnica - Podbeskidzie Bielsko-Biała
8. Stomil Olsztyn / Sandecja Nowy Sącz - Śląsk Wrocław
9. GKS Bełchatów - Wisła Płock / Bytovia Bytów
10. Arka Gdynia / Pogoń Siedlce - Siarka Tarnobrzeg / Chojniczanka Chojnice
11. Boruta Zgierz / Puszcza Niepołomice - Lechia Gdańsk
12. Górnik Łęczna - Legia Warszawa
13. Wisła Puławy / Zagłębie Sosnowiec - Górnik Zabrze
14. Wda Świecie / Legionovia Legionowo - Korona Kielce
15. ROW 1964 Rybnik / Dolcan Ząbki - Cracovia
16. Górnik Wałbrzych / Wigry Suwałki - GKS Katowice / Rozwój Katowice

Gospodarzami meczów 1/16 finału są drużyny występujące w niższej klasie rozgrywkowej w sezonie 2015/16. W przypadku meczów z udziałem drużyn z tej samej klasy rozgrywkowej gospodarzami są zespoły zajmujące wyższą pozycję w schemacie rozgrywek.

1/8 finału - 23 września

17. zwycięzca meczu 1 - zwycięzca meczu 2
18. zwycięzca meczu 3 - zwycięzca meczu 4
19. zwycięzca meczu 5 - zwycięzca meczu 6
20. zwycięzca meczu 7 - zwycięzca meczu 8
21. zwycięzca meczu 9 - zwycięzca meczu 10
22. zwycięzca meczu 11 - zwycięzca meczu 12
23. zwycięzca meczu 13 - zwycięzca meczu 14
24. zwycięzca meczu 15 - zwycięzca meczu 16

Gospodarzami meczów 1/8 finału są zespoły występujące w niższej klasie rozgrywkowej w sezonie 2015/16. W przypadku meczów z udziałem drużyn z tej samej klasy rozgrywkowej gospodarza wyłoni losowanie przeprowadzone przez Departament Rozgrywek Krajowych PZPN po rozegraniu meczów 1/16 finału.

1/4 finału - 28 października, 18 listopada

zwycięzca meczu 17 - zwycięzca meczu 18
zwycięzca meczu 19 - zwycięzca meczu 20
zwycięzca meczu 21 - zwycięzca meczu 22
zwycięzca meczu 23 - zwycięzca meczu 24